A EMBRAPII foi aprovada pelo Conselho Gestor do Rota 2030 como coordenadora de um Programa Prioritário (PP), voltado para o atendimento das demandas da cadeia de fornecedores do setor de mobilidade e logística. O objetivo é fortalecer as atividades de pesquisa, desenvolvimento e inovação (PD&I) desse segmento produtivo do país com os recursos aportados no Programa.

Os recursos depositados no Programa EMBRAPII serão destinados exclusivamente à contratação de projetos de PD&I que sejam demandados por empresas do setor de mobilidade e logística, desenvolvendo tecnologia, produtos e processos; e realizados em parceria com as Unidades EMBRAPII. Os recursos oriundos do PP serão utilizados como contrapartida financeira da EMBRAPII conforme o modelo de apoio financeiro já realizado por esta instituição.