A EMBRAPII é gerida pelos seguintes diretores:
Alvaro Toubes Prata
Diretor-Presidente
Marcelo Prim
Diretor de Operações
Igor Manhães Nazareth
Diretor de Inovação e Relações Institucionais
Guilherme Coutinho Calheiros
Diretor de Planejamento e Gestão
Seu Conselho de Administração é formado pelos seguintes membros:
- João Fernando Gomes de Oliveira (Presidente)
- Alfredo Macedo Gomes
- Bruno Quick Lourenço de Lima
- Carlos Augusto Grabois Gadelha
- Elias Ramos de Souza
- Marcela Chami Gentil Flores
- Marcelo Bregagnoli
- Helena Bonciani Nader
- Horácio Lafer Piva
- Jefferson de Oliveira Gomes
- José Luis Pinho Leite Gordon
- Pedro Luiz Barreiros Passos
- Pedro Wongtschowski
- Rafael Esmeraldo Ramacciotti Lucchesi
- Rubens Diniz Tavares
- Uallace Moreira Lima
E seu Conselho Fiscal é formado pelos seguintes membros:
- Francilene Procópio Garcia (Presidente)
- Rafael Grilli Felizardo
- Sérgio Cruz