A EMBRAPII é gerida pelos seguintes diretores:
Francisco Saboya
Presidente
Marcelo Prim
Diretor de Operações
Igor Manhães Nazareth
Diretor de Planejamento e Relações Institucionais
Seu Conselho de Administração é formado pelos seguintes membros:
- João Fernando Gomes de Oliveira (Presidente)
- Alfredo Macedo Gomes
- Bruno Quick Lourenço de Lima
- Carlos Augusto Grabois Gadelha
- Elias Ramos de Souza
- Getúlio Marques Ferreira
- Helena Bonciani Nader
- Horácio Lafer Piva
- Jefferson de Oliveira Gomes
- José Luis Pinho Leite Gordon
- Pedro Luiz Barreiros Passos
- Pedro Wongtschowski
- Rafael Correa Fabra Navarro
- Rafael Esmeraldo Ramacciotti Lucchesi
- Rubens Diniz Tavares
- Uallace Moreira Lima
E seu Conselho Fiscal é formado pelos seguintes membros:
- Alexandre Augusto Villain da Silva (Presidente)
- Rafael Grilli Felizardo