A EMBRAPII é gerida pelos seguintes diretores:
Jorge Almeida Guimarães
Diretor-Presidente
Carlos Eduardo Pereira
Diretor de Operações
José Luis Gordon
Diretor de Planejamento e Relações Institucionais
Seu Conselho de Administração é formado pelos seguintes membros:
- Pedro Wongtschowski (Presidente)
- Ariosto Antunes Culau
- Carlos do Carmo Andrade Melles
- Gustavo Henrique de Sousa Balduíno
- Horácio Lafer Piva
- Humberto Luiz de Rodrigues Pereira
- Igor Manhães Nazareth
- Jadir José Pela
- João Fernando Gomes de Oliveira
- Jorge Luis Nicolas Audy
- Marcos Rossi Martins
- Paulo César Rezende de Carvalho Alvim
- Pedro Luiz Barreiros Passos
- Rafael Esmeraldo Lucchesi Ramacciotti
- Robson Braga de Andrade
- Waldemar Barroso Magno Neto
E seu Conselho Fiscal é formado pelos seguintes membros:
- Luis Gustavo Delmont (Presidente)
- Anderson Lozi da Rocha