A EMBRAPII é gerida pelos seguintes diretores:

Jorge Almeida Guimarães
Diretor-Presidente

Carlos Eduardo Pereira
Diretor de Operações

José Luis Gordon
Diretor de Planejamento e Gestão

Seu Conselho de Administração é formado pelos seguintes membros:

• Pedro Wongtschowski (Presidente)
• Rafael Lucchesi
• Robson Braga Andrade
• João Fernando G. Oliveira
• Julio Cesar Maciel Ramundo
• Carlos Eduardo Gutierrez Freire
• Thiago Rodrigues Santos
• Marcos Cinicius de Souza
• Rafael Moreira
• Jorge Luis Nicolas Audy
• Humberto Luiz de Rodrigues Pereira
• Denio Rebello Arantes
• Horacio Lafer Piva
• Pedro Luiz Barreiros Passos
• Heloisa Guimarães
• Gustavo Henrique de Sousa Balduíno
• Eline Nascimento
• Romero Portella Raposo Filho

E seu Conselho Fiscal é formado pelos seguintes membros:

• Luis Gustavo Delmont (Presidente)
• Anderson Lozi da Rocha
• Daniel Gama e Colombo