A EMBRAPII é gerida pelos seguintes diretores:

Jorge Almeida Guimarães
Diretor-Presidente

Carlos Eduardo Pereira
Diretor de Operações

José Luis Gordon
Diretor de Planejamento e Gestão

Seu Conselho de Administração é formado pelos seguintes membros:

  • Pedro Wongtschowski (Presidente)
  • Rafael Lucchesi
  • Robson Braga Andrade
  • João Fernando G. Oliveira
  • Julio Cesar Maciel Ramundo
  • Carlos Eduardo Gutierrez Freire
  • Thiago Rodrigues Santos
  • Marcos Cinicius de Souza
  • Rafael Moreira
  • Jorge Luis Nicolas Audy
  • Humberto Luiz de Rodrigues Pereira
  • Denio Rebello Arantes
  • Horacio Lafer Piva
  • Pedro Luiz Barreiros Passos
  • Heloisa Guimarães
  • Gustavo Henrique de Sousa Balduíno
  • Eline Nascimento
  • Romero Portella Raposo Filho

E seu Conselho Fiscal é formado pelos seguintes membros:

  • Luis Gustavo Delmont (Presidente)
  • Anderson Lozi da Rocha
  • Daniel Gama e Colombo