A EMBRAPII é gerida pelos seguintes diretores:
Igor Manhães Nazareth
Presidente interino
Carlos Eduardo Pereira
Diretor de Operações
Fábio Stalllivieri
Diretor de Planejamento e Relações Institucionais interino
Seu Conselho de Administração é formado pelos seguintes membros:
- João Fernando Gomes de Oliveira (Presidente)
- Pedro Wongtschowski
- Helena Bonciani Nader
- Robson Braga de Andrade
- Horacio Lafer Piva
- Pedro Luiz Barreiros Passos
- José Gontijo
- Jackline de Souza Conca
- Sandra de Castro Barros
- Tomas Dias Sant’ana
- Marcos Rossi Martins
- Otávio Augusto Burgardt
- Jadir José Pela
- Rafael Correa Fabra Navarro
- Gustavo Henrique de Sousa Balduíno
- Carlos do Carmo Andrade Melles
E seu Conselho Fiscal é formado pelos seguintes membros:
- Anderson Lozi da Rocha (Presidente)
- Alexandre Augusto Villain da Silva
- Juliana Velasquez de Melo Oyama