A EMBRAPII é gerida pelos seguintes diretores:
Jorge Almeida Guimarães
Diretor-Presidente
Carlos Eduardo Pereira
Diretor de Operações
Igor Manhães Nazareth
Diretor de Planejamento e Relações Institucionais
Seu Conselho de Administração é formado pelos seguintes membros:
- João Fernando Gomes de Oliveira (Presidente)
- Pedro Wongtschowski
- Tomas Dias Sant’Ana
- Carlos do Carmo Andrade Melles
- Gustavo Henrique de Sousa Balduíno
- Sandra de Castro Barros
- Horácio Lafer Piva
- Humberto Luiz de Rodrigues Pereira
- Jackline de Souza Conca
- Jadir José Pela
- Marcos Rossi Martins
- Paulo César Rezende de Carvalho Alvim
- Pedro Luiz Barreiros Passos
- Helena Bonciani Nader
- Robson Braga de Andrade
- Otávio Augusto Burgardt
E seu Conselho Fiscal é formado pelos seguintes membros:
- Anderson Lozi da Rocha (Presidente)
- Alexandre Augusto Villain da Silva
- Juliana Velasquez de Melo Oyama