A versão 6.0 do Manual de Operação EMBRAPII unifica os distintos manuais de operação até aqui existentes e resulta do amadurecimento tanto da rede credenciada quando dos processos operacionais da Embrapii.

O documento estabelece normas de operação para todas as Unidades EMBRAPII, fixa critérios e procedimentos para a aplicação dos recursos financeiros, além de regras para o seu acompanhamento e a avaliação. O princípio é assegurar autonomia às Unidades EMBRAPII na identificação das demandas das empresas e na execução conjunta de projetos de inovação, estabelecendo, em contrapartida, metas para o seu desempenho.